ЯИВТ является обособленным структурным подразделением (филиалом) ФБОУ ВПО «Новосибирская государственная академия водного транспорта» и включает в себя два структурных подразделения: обучение по программам высшего профессионального образования ведется профессорско-преподавательским составом бывшего Ленского филиала ФБОУ ВПО «НГАВТ»; обучение по программам среднего профессионального образования ведется педагогическим составом Якутского командного речного училища, присоединенного к ФБОУ ВПО «НГАВТ» в 2007 году