Отличительной особенностью ИКНТ является традиционная связь проводимых исследований с промышленностью и реализация научных идей через создание инновационных конструкторско-технологических центров. Яркими примерами успеха выбранной стратегии развития являются создание опытно-конструкторских институтов ОКБ «Импульс» и ЦНИИ РТК, которыми руководили известные ученые Т. Н. Соколов и Е. И. Юревич. За 40-летнюю историю развития ИКНТ стал признанным лидером в области применения компьютерных наук при решении инженерных задач моделирования, информационной безопасности и управления сложными системами.