Ростовский филиал является структурным подразделением государственного казенного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Российская таможенная академия» и входит в систему Федеральной таможенной службы России. Филиал создан в соответствии с приказом Государственного таможенного комитета Российской Федерации от 30 июня 1995 года № 433.