В 1935 году решением Совнаркома СССР из профессорско-преподавательских коллективов Новосибирского института усовершенствования врачей и Томского медицинского института в городе Новосибирске был создан коллектив преподавателей, начавший свои первые занятия на третьем курсе вновь организованного медицинского института.
В настоящее время НГМУ насчитывает свыше 1700 сотрудников. В университете работают 8 факультетов, обучается около 5 тысяч студентов, на 76 кафедрах, более 300 и 600 клинических ординаторов и интернов. Более 200 аспирантов обучается в НГМУ. Занятия проводятся на 70-ти клинических базах, расположенных в крупнейших медицинских учреждениях Новосибирска.