Факультет прикладной математики и информатики (ФПМИ) организован в 1993 году на базе факультета АСУ. В настоящее время в состав факультета входят семь кафедр, на которых работает более 20 докторов и более 60 кандидатов наук. Это две выпускающие кафедры: Прикладной математики и Программных систем и баз данных, несущие основную нагрузку по подготовке специалистов на факультете; три общеобразовательные кафедры: Алгебры и математической логики, Высшей математики и Инженерной математики, обеспечивающие математическую подготовку на всех факультетах НГТУ; две специальные кафедры: Параллельных вычислительных технологий, организованная на базе Института вычислительной математики и математической геофизики СО РАН, и Вычислительных технологий — на базе Института вычислительных технологий СО РАН.